音乐学院于2002年1月由原音乐系（1959年建系）和音乐教育系（1985年建系）合并组建而成。现设有作曲系 、声乐系、钢琴系、音乐教育系、管弦系、民乐系、音乐学系、现代音乐系以及云南民族音乐研究基地、CCTV青年歌手电视大奖赛云南代表队培训基地、现代远程音乐教育中心、钢琴艺术指导中心、展演中心、培训中心、研究生部、成人教育部、教学辅助工作室等机构。